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La historia de Santa Magdalena se enmarca en el contexto de las persecuciones a católicos en el Japón del siglo XVII
En 1549 llegaban a tierras japonesas los primeros misioneros desde América, Portugal y España. El jesuita San Francisco Javier, acompañado de varios religiosos, iniciaron una labor que dio rápidamente sus frutos. Tanto que las autoridades del imperio del Sol Naciente iniciaron una dura y cruenta persecución contra los religiosos y los hombres y mujeres que abrazaron la fe católica.
Cuando Magdalena de Nagasaki nació en 1611, su familia ya se había convertido al catolicismo por lo que creció convencida de los principios cristianos que los suyos le inculcaron. Nagasaki era entonces uno de los principales lugares en los que el cristianismo estaba arraigado, a pesar de las presiones recibidas y las amenazas reales de perderlo todo, incluso la vida. En una fecha indeterminada de su juventud, Magdalena vio con sus propios ojos cómo sus padres y hermanos eran martirizados y ejecutados por no querer renegar de sus creencias. Esto marcó para siempre el carácter de una mujer que no dudaría en mantenerse firme en sus ideales. Decidió permanecer virgen y se consagró a Dios.
Fueron unos misioneros los que acogieron a la niña huérfana y cuidaron de ella. En 1624 se unió a dos agustinos recoletos, Francisco de Jesús y Vicente de San Antonio, a los que ayudó como traductora y catequista. Magdalena recibió el hábito agustino terciario y compartió con ellos las duras condiciones de los misioneros en Japón. Con ellos tuvo que huir en varias ocasiones a las montañas. En 1632, Magdalena sufrió la pérdida de los que se habían convertido en su segunda familia. Los dos sacerdotes fueron ejecutados tras ser detenidos mientras Magdalena consiguió huir.
Durante unos meses, recibió la protección del padre Melchor de San Agustín y Martín de San Nicolás, que también fueron martirizados poco tiempo después de pisar suelo japonés. El dominico Jordán de San Esteban fue su siguiente protector y también tuvo que despedirse pronto de él. Las fuerzas japonesas eran implacables.
Magdalena se dio cuenta después de ver sufrir a tantos religiosos, que el Japón que quería aniquilar a los seguidores de Cristo utilizaba la amenaza del martirio para conseguir muchos apóstatas. Fue por eso que decidió dar un golpe de efecto. Sacrificaría su vida para demostrar que, ni el martirio, debía hacer abandonar la fe. Magdalena se presentó antes las autoridades defendiendo públicamente sus creencias católicas. Era el otoño de 1634 cuando fue detenida. En su camino a prisión, ataviada con el hábito negro de la orden terciaria agustina recoleta, clamaba con determinación su fe y su amor a Cristo ante la atónita mirada de quienes la contemplaban. El tiempo que estuvo en prisión, Magdalena leía textos sagrados y consolaba a los demás cristianos que sufrían con ella la pérdida de libertad.
Después de que las autoridades japonesas la tentaran con matrimonios favorables y la posibilidad de salvar la vida si renegaba de su fe, y ante la firmeza de la determinación de aquella mujer, iniciaron un inmisericorde proceso de martirio. Desde obligarla a beber cantidades inhumanas de agua hasta clavarle astillas de bambú en las uñas, nada consiguió que Magdalena rompiera su juramento de amor de Cristo. Al contrario, nadie la oyó quejarse y denunciaba públicamente que las torturas a las que era sometidas eran una injusticia, animando a quienes contemplaban su sufrimiento a unirse a la cruz de los cristianos.
Desesperados ante la firmeza de Magdalena, se tomó la decisión de acabar con su vida. Su muerte no iba a ser rápida y sería igualmente parte de su martirio. Colocada boca abajo, con la mitad del cuerpo enterrado en la tierra, Magdalena soportó durante trece días el conocido como el martirio de la hoya o de la fosa. Fue una terrible tormenta la que inundó el foso y terminó con la agonía de esta mujer de absoluta valentía.
En 1981, el Papa Juan Pablo II beatificaba a Magdalena de Nagasaki junto a otros dieciséis mártires japoneses. El mismo pontífice la elevó a los altares el 18 de octubre 1897. Santa Magdalena de Nagasaki fue erigida como patrona de la Fraternidad Seglar Agustino Recoleta.
